منشا و خاستگاه قیام پانزده خرداد اندیشه‌های روحانیت مبارز شیعه، به رهبری حضرت امام خمینی (ره) بود. در اندیشه‌ها و تفکر آن حضرت، تشکیل حکومت اسلامی و اجرای احکام اسلام جایگاه خاصی داشت. بر این اساس، پیاده شدن قوانین اسلام در حوزه‌های سیاست، اقتصاد، فرهنگ و اجتماع از انگیزه‌های اصولی نیروهای مذهبی محسوب می‌شد. اما با توجه به تخطی رژیم شاه از حدود الهی و عدم اجرای احکام اسلام، امر به معروف و نهی از منکر، دفاع از سنتها و ارزشهای اسلامی، مقابله با برنامه‌های استعماری آمریکا و اسرائیل، مبارزه با حاکمیت و گسترش فرهنگ غربی که منافی با معیارهای فرهنگ اسلام ناب محمدی بود، از انگیزه‌های نسل جدید روحانیت، برای ورود به عرصه سیاسی کشور و وقوع قیام پانزده خرداد به شمار می‌رفت.

امام خمینی در مرحله اول مبارزه خود، درصدد پیشگیری و کنترل حرکتهای ضد مذهبی رژیم شاه برآمد. اما هنگامی که این رژیم تهاجم همه جانبه خود را بر علیه حضرت امام و پیروانش آغاز کرد، شیوه دیگری برای مبارزه برگزیده شد که همانا رویارویی با اصل نظام شاهنشاهی بود.
انگیزه دیگر امام، مبارزه با صهیونیسم جهانی و عوامل داخلی آنها و صیانت از احکام اسلام و قرآن و حفاظت از استقلال کشور و جلوگیری از نفوذ بیشتر اعضای فرقه ضاله بهائیت که به عنوان ستون پنجم اسرائیل در ایران عمل می‌کردند ، بود. رژیم شاه در سال 1328، به طور غیر رسمی (دفاکتور) اسرائیل را به سمیت‌شناخته بود و زمینه نفوذ عوامل صهیونیسم را در ایران فراهم ساخته بود. امام خمینی در پاسخ به تلگراف علمای همدان، در تاریخ 16 اردیبهشت 1342، در این باره فرمودند:
". . . خطر اسرائیل و عمال ننگین آن اسلام و ایران را تهدید به زوال می‌کند. من برای چند روز زندگی با عار و ننگ ارزشی قائل نیستم و از علماء اعلام و سایر طبقات مسلمین انتظار دارم که با تشریک مساعی قرآن و اسلام را از خطری که در پیش است نجات دهند. . . "
بنابراین، نیروهای مذهبی که از امام خمینی پیروی می‌کردند، با انگیزه اولیه مخالفت‌با دستگیری امام خمینی و انگیزه‌های اصلی دفاع از دین اسلام و ارزشها و احکام آن، در قیام پانزده خرداد شرکت کردند و اهداف رهبری نهضت را که در طول دو سال مبارزه (1342 - 1341) بیان شده بود، پیگیری کردند. اهداف اصلی امام خمینی (ره) حاکمیت قوانین اسلام و اجرای شریعت اسلامی و قطع زنجیرهای وابستگی کشور از کشورهای استعمارگر و استکباری آمریکا و اسرائیل و. . . بود. خلع ایادی داخلی آنها و براندازی اصل نظام شاهنشاهی و جایگزینی حکومت اسلامی برای جامه عمل پوشاندن به اهداف نهضت ضروری بود که امام خمینی تلاش برای تحقق آنها را پیشه خود ساخته بود.

قیام پانزده خرداد، اگرچه در ظاهر با شکست روبرو شد، اما تاثیرات بلند مدت خود را بر روند سیاسی و اجتماعی ایران باقی گذاشت. این تاثیرات عمیق، ناشی از ویژگیهای ناب این قیام بود که عبارتند از: فراگیری نهضت و حضور همه گروهها، قشرها و طبقات اجتماعی در روند مبارزه; مذهبی بودن نهضت و حضور نیروهای مذهبی در آن که موجب حضور گسترده مردم در جریان مبارزه شد; پیروی از مبانی دین اسلام در جریان مبارزه; مشخص بودن رهبری مبارزه که در وجود امام خمینی تجلی یافته بود; اخلاص و قاطعیت رهبر نهضت; جبنه بیگانه ستیزی جنبش که لبه تیز آن متوجه آمریکا، اسرائیل و شخص شاه بود.
با توجه به این خصوصیات، نتایج و پیامدهای قیام را می‌توان، به اختصار اینگونه برشمرد:
1 - افزایش رشد سیاسی روحانیت و حوزه‌های علمیه و ورود آنها به عرصه سیاست کشور;
2 - الگو قرار گرفتن مذهب برای مبارزه و رویکرد بیشتر نیروهای مبارز به مذهب;
3 - رشد و آگاهی توده‌های مردم و تکامل مبارزات آنان;
4 - افشای چهره منافقانه و ریاکارانه شاه و روشن شدن ماهیت رژیم وی برای مردم;
5 - بی‌اعتبار شدن شرق و غرب، به دلیل موضع گیریهای منفی آمریکا و شوروی در مقابل قیام مذکور;
6 - تثبیت مرجعیت و رهبری امام خمینی با تایید مراجع و علما و حمایت و پشتیبانی مردم;
7 - روشن شدن ماهیت گروه‌های سیاسی وابسته و لیبرال و محو شدن جاذبه گروههای سیاسی غیر مذهبی;
8 - توسل به شیوه مبارزه قهرآمیز، توسط برخی گروه‌های مبارز;
9 - احساس ضرورت ایجاد تشکل برای ادامه مبارزه با رژیم;
10 - تبیین نظریه "ولایت فقیه"، به عنوان نظام حکومتی جایگزین رژیم شاه، توسط امام خمینی به طور کلی، قیام اسلامی و فراگیر مردم ایران در پانزدهم خرداد 1342، باعث افزایش آگاهی سیاسی مردم و حضور بیشتر آنها در صحنه شد و با تثبیت رهبری امام خمینی (ره) ، گروه‌های سیاسی غیر مذهبی به حاشیه رانده شدند. امام خمینی (ره) با بهره‌گیری از تجارب گذشته و با ارائه نظریه"ولایت فقیه" که پس از پیروزی انقلاب اسلامی، شالوده قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران شد، نظام سیاسی جایگزین حکومت‌سلطنتی را تبیین کرد. با پیروزی انقلاب اسلامی در سال 1357، این نظریه جامه عمل پوشید و اساس نظام جمهوری اسلامی ایران را پی ریزی کرد.
امام خمینی (ره) با دمیدن روح خودباوری و نفی از خودبیگانگی، زمینه‌های بازگشت‌به خویشتن را در میان قشر جوان و روشنفکر دانشگاهی فراهم ساخت و باعث رویکرد نیروهای سیاسی، اجتماعی و فرهنگی کشور به سوی مذهب شد. بنابراین، نهضت فکری - فرهنگی پانزده خرداد به رهبری امام خمینی (ره) تاثیرات عمیق و شگرفی بر ساختار سیاسی، فرهنگی و اجتماعی ایران گذاشت و نتایج و پیامدهای سازنده و مطلوبی به بار آورد. در واقع، آماده‌سازی شرایط و زمینه‌های لازم و نیروهای انقلاب اسلامی را در دامن خود پرورش داد.