متن حکم رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

جناب حجت‌الاسلام آقای شیخ مصطفی رستمی دامت توفیقاته
اکنون که پس از یک دوره فعالیت ارزشمند و پرثمر، جناب حجت‌الاسلام آقای محمدیان از ریاست نهاد نمایندگی در دانشگاهها کناره‌گیری کرده‌اند، ضمن تقدیر و تشکر فراوان از تلاش دلسوزانه و سلوک مهربانانه‌ی ایشان، جنابعالی را که از فضلای جوان و پرانگیزه و آشنا و مرتبط با محیط دانشگاه میباشید، به پیشنهاد شورای نهاد، به ریاست نهاد مزبور منصوب میکنم.

دانشگاه مهم‌ترین مرکز تولید و گسترش و افزایش دانش و دانشمند است و همت و تعهّد و تلاش مبارک استادان و مدیران این مرکز حساس، ترسیم‌کننده‌ی چشم‌انداز آینده‌ی کشور و رقم‌زننده‌ی سرنوشت ملت است. حضور علمای دین و فضلای روشن‌بین حوزه‌های علوم دینی در کنار استاد و دانشجو و مدیر دانشگاهی، باید بتواند -به توفیق و هدایت الهی- خروجی مطلوب این تلاش مبارک و تعهّد اخلاقی را تضمین کند و دانشگاه را پرورشگاه انسان‌های بزرگ و مدیران کارآمد آینده‌ی کشور و دانش‌آموختگان صالح و فرزانه و پُرکار و پُرنشاط سازد. انشاءالله.

لازم است مجموعه‌های مرتبط از جمله شورای عالی انقلاب فرهنگی و وزارت‌های علوم و بهداشت و مدیران مؤسسات آموزش عالی، حمایت و همکاری لازم را با این نهاد معمول دارند.

توفیق همگان را از خداوند متعال مسألت میکنم.